Isi lambang Institut memiliki pengertian sebagai berikut:
a. Perisai segi lima yang menjadi batas luar:
Melambangkan rukun Islam, yang memberi arti bahwa Institut ini adalah Perguruan Tinggi Islam;
b. Lingkaran yang mengelilingi bagian dalam:
Melambangkan keutuhan dan integrasi aspek-aspek iman, Islam, dan Ihsan yang menjadi motivasi berdirinya Institut ini;
c. Angka sembilan dan seratus dua puluh dua yang tertulis pada pita di bawah gambar al-Qur'an: menunjukkan Q.S. al-Taubah, 9:122, yang merupakan rujukan misi Institut, yakni: a) misi keilmuan, 2) misi kemasyarakatan, dan 3) misi pengabdian kepada Allah swt. yang mendasari kedua misi sebelumnya;
d. Mihrab yang melatari gambar al-Qur'an: menunjukkan bahwa segala bentuk aktivitas akademis dan pengelolaan Institut merupakan manifestasi ibadah;
e. Mimbar yang juga melatari gambar al-Qur'an: menunjukkan bahwa segala aktivitas belajar dan pengelolaan Institut yang akan diabdikan kepada umat juga merupakan manifestasi ibadah;
f. Ujung pena yang merupakan bentuk mihrab dan mimbar: melukiskan ketajaman, ketulusan pandangan, dan rasa cinta ilmu yang senantiasa ada dalam segala aktivitas di Institut;
g. Angka arab 9:122 dan arsitektur mihrab: melambangkan ketinggian semangat dan cita-cita aktivitas belajar di Institut untuk mempelajari, mengkaji, dan mengembangkan kebudayaan umat Islam;
h. Rehal yang menjadi landasan al-Qur'an: menunjukkan bahwa Institut akan melestarikan tradisi Ahlussunnah wal-Jama'ah;
i. Tulisan INSTITUT ILMU KEISLAMAN ANNUQAYAH GULUK-GULUK SUMENEP di dalam lingkaran; merupakan nama lengkap sekaligus kepanjangan INSTIKA yang berlokasi di kecataman Guluk-Guluk kabupaten Sumenep.